在《FateZero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——

遥远的未来，地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空，建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆，并与外星人成立人类银河联盟。与此同时，名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖，与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的战役中，年仅16岁的少尉雷德（石川界人 配音）所在部队遭遇猛烈抵抗。撤退途中，雷德不慎被卷入时空裂缝，与他所驾驶的歼灭兵器钱伯坠落在地球的汪洋中。钱伯被人类打捞到加尔刚蒂亚舰团之上，面对这个与印象中完全不同的人类发源之星，雷德不知所措。在此期间，他和可爱的少女艾米（金元寿子 配音）沟通交流，并成功帮助他们挫败海盗的进攻，赢得地球人的信任。　　由于无法联系到友军，雷德只能暂时留在地球。自幼只知道战斗和服从命令的他，面对这群全无纪律和效率可言的人类，心中最深层的情感慢慢苏醒……

在這眾人都會魔法的世界，魔力高低成為了衡量地位的標準，而不會使用魔法的人則會遭到處決。馬修天生不會使用魔法，被養父藏匿起來照顧。他為了自己跟家人能平安生活，決定用長年鍛煉出來的一身肌肉與世界抗衡。

以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。　　战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派，　　与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。　　在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时，《暗黑神贝库达》即加百列　　从现实世界中让数万美国玩家登录，企图一举歼灭《人界》军。　　相对地，亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。　　获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜，　　和《人界》军一同与美国玩家展开死战，　　而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃，则追赶着带走了爱丽丝的加百列。　　随后，获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法，也抵达了Underworld。　　不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们，　　将千锤百炼的角色进行转移，加入《人界》军一方参战！　　这场大战不只关系到Underworld的存续。　　还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能，甚至人类未来的战斗。　　而大战的终点，如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。　　《Alicization》篇，在此完结！

这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。　　世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年——　　新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。　　从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。　　作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。　　在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……