美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。

　　容姿端丽、最强无敌学生会长黑神目泷为你解决问题！　　一年十三组的黑神目泷入选成为箱庭学园第98代学生会长，她在选举战中根据公约设立“意见箱”。　　“你们的梦想是你们自己的所有物，自己挑战就要自己实现，但是，你们的烦恼是我的所有物，一点不剩全部交给我吧！！！”　　于是，黑神和她的青梅竹马“人吉善吉”开始共同解决学生们投递的案件。意见箱人送外号“黑神箱”，获得学生们一致好评，但是……

当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务……

主人公は画家になることを夢見ていたが、とある挫折をきっかけに夢を諦め、撫子学園の美術教師となる。好きな事を好きと素直に思えない苦悩を抱えつつ、どうにもならない現状に流され続けていく毎日。そんな教師2年目となった主人公の元に従兄妹のエリスが特待生として撫子学園に入学、主人公と同居することになった他、様々な才能･苦悩を持つヒロインたちとの出会いが訪れる。主人公はかつての情熱を取り戻せるのだろうか

三岛春来（寺岛拓笃 配音）是一位非常平凡的高中一年级生，因为一本名为《人鱼的王子》的绘本而对游泳这项运动产生了兴趣，继而加入了学校的游泳部。实际上，春来一直默默的喜欢着名为真四季美春（神田沙也加 配音）的女孩，正是这个热爱读书的女孩给了他那本改变了他命运的绘本。　　本田塔羽（铃村健一 配音）是班级里公认的轻浮男，但实际上，在轻浮的外表之下，他的个性却反而非常的认真。三桥真珠（钉宫理惠 配音）是一位标准的优等生，在严格的家庭之中长大。命运让这两个性格截然相反的人相遇了，看着真珠的样子，本田感到内心里的感情正在不断地悸动。