芝加哥发生了一桩震惊全城的恐怖血案。当地一间教堂的主教罗森惨遭杀害，身上被刻上神秘数字，警方逮捕了当时在场身染血迹的犯罪嫌疑人阿伦（ Edward Norton 饰）。马丁（理查•基尔 Richard Gere 饰）作为阿伦的辩护律师，和他的前女友检控官珍妮特较上了劲。　　马丁并不在乎事实，他为阿伦辩护的唯一目的就是要赢得官司，让自己一战成名。而珍妮特作为正义的代表当然寸步不让。珍妮特（劳拉•琳妮 Laura Linney 饰）调查得知罗森主教生前曾对阿伦等人进行性侵犯，而阿伦关于自己患有“时间失忆”症的辩解亦显得荒唐，关于他提到的凶案证人一直都未找到。珍妮特认为杀人动机等一切证据俱全。　　马丁借口阿伦患精神病使其成功脱罪，然而，一切皆出人意料。

悍娇虎（凯瑞·华格伦 配音）少女时候跟着师傅（达斯汀·霍夫曼 配音）辛苦练功，却始终无法得到师傅的认可。终于有一天，强敌野猪来袭，打败了一众高手，几乎无人能敌。混血大师被击败后来到翡翠宫找师傅，希望师傅能阻止野猪，于是师傅答应接受挑战。可是就在比武的前几天，师傅因为吃了阿波（杰克·布莱克 配音）做的饭而食物中毒无法应战，无奈之下指派悍娇虎带着卷轴去寻找神奇四侠，一连串的巧合之下，悍娇虎带回了快螳螂等人，自此故事发生了逆转……

　　当熊猫阿宝（杰克·布莱克 Jack Black 配音）为成为真正的神龙大侠做准备的时候，他的生父——熊猫李山（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）突然到访。与此同时，拥有神秘力量的反派天煞（J·K·西蒙斯 J.K. Simmons 配音）登场，妄图制服 所有高手，统治武林。相传在与世隔绝的熊猫村有着对抗天煞的力量，为了拯救苍生，阿宝与父亲踏上了归途，而阿宝的好伙伴悍娇虎（安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 配音）、金猴（成龙 配音）、灵蛇（刘玉玲 Lucy Liu 配音）、螳螂（塞斯·罗根 Seth Rogen 配音）则一同拖延天煞，阿宝不仅肩负着成为真正的熊猫大侠的使命，还要让村民美美（凯特·哈德森 Kate Hudson 配音）等新伙伴练就新功夫，继承乌龟大师（兰德尔·杜克·金 Randall Duk Kim 配音）的遗志，共同抵挡天煞。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

故事发生在1978年，12岁的男孩大卫（乔伊·克莱默 Joey Cramer 饰）在意外之中坠入山谷，失去了意识。醒来后，大卫回到了家，却发现眼前的一切已经物是人非，原来此时的时间已经来到了1986年，这也就意味着，12岁的大卫需要面对的，是八年后的未来世界，在大卫昏迷期间，究竟发生了什么？ 　　大卫好不容易找到了失散的家人，当初比他小四岁的弟弟杰夫（Matt Adler 饰）如今已经长成了大男孩，而大卫却还是12岁的模样。之后，一艘外太空飞行物降落地球，而它的存在和大卫遇到的难解之谜有着千丝万缕的关联。于是，太空总署找到了大卫，希望他能够协助调查此事。