在高华大学变异的经历总在重演，关于军方通缉的亦围绕在脑海，科学家Bruce Banner（爱德华·诺顿 Edward Norton 饰）就在这样的梦魇下在巴西一边控制着体内的伽马辐射带来的异常，一边努力和纽约的蓝先生寻求解决办法。　　在汽水生产厂房的他一日不小心割伤手指，让血滴入了汽水瓶，远销到美国的这瓶汽水暴露了他的行踪。美国军方穷尽能力追捕他，还找来求胜心切的英国霹雳将军Emil Blonsky（蒂姆·罗斯 Tim Roth 饰）。被逼到绝路的Bruce变身为绿巨人，Emil和其他军人都大吃一惊。为了亲手擒住Bruce，Emil建议给自己注入可使基因变异的样本。　　Bruce在美国隐匿时遇到旧女友Betty Ross（丽芙·泰勒 Liv Tyler 饰），Betty义无反顾地站在他一边，同时发现，她拥有令他体内绿巨人安稳的力量。　　那边Emil已经被求胜蒙蔽了眼睛，他的寻衅加上美国军方极度想利用Bruce体内异能作为残暴行径的决心，一场大战已经避无可避。

1990年，一艘巨大的飞船出现在地球上空，人们惶恐不安，却又分外好奇。经过一段时间紧张的等待，外星飞船始终没有动静。人类终于小心翼翼靠近它，强行走进舱内，结果发现了不计其数的外星人。他们形容丑陋，宛如虾子，而且健康状况极差，虚弱无力。原来这是一群来自外星的难民，他们最终被地球人接纳，并隔离在南非约翰内斯堡的一片区域内生活，此地名为“第九区”。经过长达20年的繁衍，外星难民的数量扩张至180万之多，且和周边人类的矛盾冲突不断，越来越多的人类呼吁将“大虾”赶出地球。　　MNU（列国同盟组织）经过磋商，决定将外星难民迁移到更为偏远的区域。MNU外星事务部门的特工威库斯（Sharlto Copley 饰）专门负责搬迁工作。威库斯在动员过程中傲慢随意，与当地居民冲突频频。最终，他为自己的行为付出代价，外星人的神秘流体将其感染，威库斯慢慢变成了外星人的模样……

　　理查德博士（尤安•格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰）的科学梦想即将实现！他将飞往宇宙风暴的中心，揭开人类基因的密码。同行的还有，项目赞助人冯•杜姆（朱利安•麦克马洪 Julian McMahon 饰）、宇航员本•格林姆（麦克•切克里斯 Michael Chiklis 饰）、博士的前女友苏•斯通（杰西卡•阿尔芭 Jessica Alba 饰）以及她弟弟约翰尼•斯通（克里斯•埃文斯 Chris Evans 饰）。　　不料，飞船接近风暴中心时，由于计算错误，导致飞船被宇宙射线所吞没！大难逃生返回地球后，组员们的基因因宇宙射线的影响，发生了变异，他们具有了各个不同的超能力。　　理查德、苏、约翰尼和本组成了“神奇四侠”，利用宇宙射线所赋予的超能力去打击黑暗势力、帮助世界。杜姆获得超能力后变身成为了“毁灭钢眼博士”，正在实施他的邪恶计划。神奇四侠出击了！

好友罗布（迈克尔?斯达-大卫 Michael Stahl-David 饰）要去日本工作，他的弟弟杰森（迈克?沃格尔 Mike Vogel 饰）和朋友莉莉（杰西卡?卢卡斯 Jessica Lucas 饰）为他举办了一场欢送派对。看到杰森拎着DV只顾拍摄美女玛莲娜（丽兹?卡潘 Lizzy Caplan 饰），莉莉很恼火，指出他更加关注罗布，因为后者才是今天的主角。　　罗布姗姗来迟，并且感到没落。原来他跟好友贝丝（奥黛塔?雅丝曼 Odette Yustman 饰）的地下情刚刚告吹，这令他异常沮丧。正在此时，贝丝携新男友出现在派对现场，这令好友感到既尴尬又愤怒，而真正的地震危险正在悄悄逼近……　　本片故事是采用伪DV风格的拍摄而成。

未来，地球环境变得愈来愈恶劣，人类纷纷踏上外太空移民的星际之路。一艘硕大的航天飞船遭遇空难毁灭，载着船长的逃生舱被另一艘飞船所营救。然而，逃生舱里只有被划定为非公民的夏娃·米勒中尉（玛丽娜·赛提斯 Marina Sirtis 饰），此时她呆呆傻傻，陷入混沌。船长命令部下提取她的记忆，从记忆中得知，已经怀孕的米勒中尉在灾难中和富兰克林船长、多默、汤姆森、李等共计五人登上了逃生舱。虽然米勒遭受其他人的歧视和羞辱，但她还是竭尽全力要寻找生还的希望。只不过最后舱里究竟发生了什么事？其他四人究竟去了哪里？ 　　米勒中尉的记忆中藏着可怕的未解之谜……