美军一名飞行员在南美洲的原始森林失踪了，那里盘踞着不怎么友好的当地游击队。美军特种兵少校达奇（阿诺?施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger）率领部下亲自前往搜救。他们在森林里很快就发现了失踪的飞行员的尸体，死状恐怖。大家都认为那是当地的游击队干的，愤怒的队 员开始寻找当地游击队的基地，要为同伴报仇。 　　然而当他们发现当地游击队的营地时，发现当地人也被一种恐怖气氛所笼罩着。随后，队员们相继被袭击身亡，但每次都没发现敌人的半个影子。对方就像凭空隐形了一样。孤身一人的达奇决心凭自己的力量面对这股神秘恐怖的力量……

蕾普莉（西格妮?韦弗 Sigourney Weaver　饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！ 　　期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。 　　果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动。 　　又一场腥风血雨的战斗展开了！

具有特殊能力的一群变种人组成了一个维护世界的小组——X战警小队。成员包括能吸收对方能力的淘气、双眼能放致命射线的镭射眼（詹姆斯·麦斯登（James Marsden饰）、能随意控制气候的暴风女（哈莉?贝瑞 Halle Berry 饰）、具有隔空取物和心电感应能力的琴葛蕾（法米克?詹森 Famke Janssen 饰）…… 不久，金刚狼（休?杰克曼 Hugh Jackman 饰）也出现了。不过金钢狼脾气暴躁、独来独往，X战警小队想极力拉拢他加入队伍，无奈孤傲的金钢狼一时也没有答应。与此同时，能控制一切金属的万磁王此时也在极力拉拢金钢狼，X战警小队不仅要费尽心思对付万磁王，还要小心亦正亦邪的金钢狼。他们能否取得最后的胜利？

琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休?杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉?贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安?麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授（帕特里克?斯图尔特 Patrick Stewart 饰）和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…

　　第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。