沉睡无数年头的福萨马格纳远古化石，因某个机缘合体复活，变成了和埃菲尔铁塔一样高的蜗牛怪兽。怪兽仿佛没有意识，只有本能，它缓慢滚动，整一路穿过东京到达大海。而它所滚动过的地方，都将变成废墟。日本的传统妖怪们惶恐不已，于是试图召唤天神渡辺纲的后代帮忙对付蜗牛怪兽。失去父亲的五年级少年渡辺兄（寺田心 饰）和母亲、弟弟相守度日。某个夜晚，他通过梦境见到了黑羽怪、辘轳首、雪女等妖怪。这些善良的妖怪请求渡辺兄拯救世界。考试还不及格的小男孩，又如何能成为救世主呢？ 　　灾难即将来临，妖怪大战争全面开启……

望月千代（木村文乃 饰）等七位秘书被迫辞职后接到了新委托，这次的目标是信州望族“九十九家族”，当七人抵达信州准备接近对方时，照井七菜（广濑爱丽丝 饰）却被袭击了。

经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……　　本片为SPEC系列完结篇的前篇。

1944年，第二次大战接近尾声，轴心国败局已定，世界将迎来和平的曙光。但在日本国内，依然有许多热血爱国的青年前赴后继奔向永远没有回头路的战场。某学校青年教师白滨正平（樱井翔 饰）为光荣入伍而感到自豪，他在出征前的最后一堂课上鼓动学生们奔赴战场，为国捐躯，狂热的宣言和军歌由此改变了许多人的命运。二战结束后，在南洋丢掉一条胳膊的正平返回祖国，眼前尽是一片寥落破败的景象，百姓生活艰苦，为了生计无所不做，而曾经的敌人美国人则以拯救者的姿态出现在本土。他受邀在当年的学校任教，可是时代与思潮的沧桑巨变让正平经历了最为痛苦的灵魂风暴…… 　　本片为连续三夜的SPブラックボード第一部。

　　前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。　　在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？