告别了往昔的喧嚣繁华，日渐寥落的矿工小镇冷石镇迎来了最为悲凉恐怖的时刻。在相当长的一段时期，镇上的小孩接连失踪，人们相信是一个神形高大宛如恶魔般的男人带走孩子。儿童失踪案震惊全国，也让冷石镇的居民们提心吊胆，惶惶不可终日。早年丧夫的小镇护士茱莉娅·丹宁（杰西卡·贝尔 Jessica Biel 饰）似乎不太相信高个男人的传说，对她来说，与儿子戴维（雅可布?戴维斯 Jakob Davies 饰）相处便是幸福的全部。在某个刚刚被暴雨洗礼的夜晚，酒后微醉的茱莉娅突然发现家中有人侵入，儿子戴维更是不知去向。她惶恐地追了出去，见到一辆车正准备逃跑，茱莉娅不顾一切奔跑上前。 　　难道传说中的高个男人真实存在？而他抢掠孩子的目的又是什么？母爱让人化身天使，母爱让人化身恶魔……

FBI Assistant Director Walter Skinner is the prime suspect in a homicide involving a woman he was with the night of her death. Mulder and Scully are all he has to prove his innocence, as superior officers try to shut him down and the only clue is a mysterious old woman.

X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫?杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲?安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。 　　某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。 　　在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？

Hannah has a past life. A past trauma. And a terrible fear of heights. Now, one late-night call brings her back to where it all began.

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。