汽车人和霸天虎的战斗绵亘了几个世纪都未曾结束，而他们的后代——巨无霸和原始兽，更将新一轮的战斗推向了史前时代。在寻找新能源的途中，霸王龙（David Kaye 配音）指挥原始兽通过时空跳跃来到史前地球，而巨无霸也在擎天圣（Garry Chalk 配音）的带领下尾随而至。双方的拉锯战仍在继续，不久连早已盘踞在该星球的外星人沃克人也卷入其中。而穿越时空者身上承载的未来的信息，让外星人大为惊恐，由此使得战斗更加激烈。在此之后，霸王龙发现了汽车人留在地球的战舰方舟号，为了改变霸天虎战败的历史，他们试图摧毁处在沉睡中的擎天柱。　　攸关全宇宙命运的战斗，在远古时代提前拉开了序幕……

谢尔盖（丹尼拉·科兹洛夫斯基 Danil Kozlovsky 饰）曾经是大学历史系的高材生，如今却成为了一个倒卖文物的小混混，他带领着齐烈普（Vladimir Yaglych 饰）、斯皮尔特（Andrey Terentyev 饰）和秋哈（Dmitry Volkostrelov 饰），整日穿梭在大大小小的古墓之中，企图找到能让他们一夜暴富的珍宝。　　某日，在一间古墓中，四人意外发现了一个保险箱，保险箱内锁着的，竟然是写有四人名字的士兵证。吓坏了的谢尔盖一行人通过墓地旁边的湖泊穿越到了1942年，彼时，他们成为了苏军部队的战士，即将踏上战场。除了要面对敌人纷飞的炮火和无处不在的死亡威胁，谢尔盖一行人所面临的最大问题，就是如何回到现代。

过去若有怪兽从环太平洋现身，都会有专为击退牠们而造的巨大机甲猎人奋力反抗。但好景不常，如今澳洲遭到怪兽肆虐，全洲人类被迫疏散。泰勒和海莉这对年幼的兄妹不幸走失，著急地寻找不见踪影的父母，过程中，两人学会操控一个废弃许久的破烂机甲猎人，因而有了突破眼前难关，杀出一线生机的希望。

This season began merely two whole weeks after the first season had ended, on April 19, 2008, with the airing of The Elite Guard, and ended on July 5, 2008, with the two-parter, A Bridge Too Close. The season revolved mainly around the Autobots in the aftermath of Megatron's return, trying to restore the city and their image. Meanwhile, Megatron, Lugnut, and Blitzwing have captured Prof. Sumdac in order to build a Space Bridge, hoping to use it to conquer a weakened Cybertron from within. A sub-plot also focuses on Sari as she searches for her father, while learning that there is no record of her existence of any means. Also, Blackarachnia (originally Elita One) has been reduced to a minor recurring character, only appearing in one episode of the entire season (Black Friday).

马汉（沙鲁克·罕 Shahrukh Khan 饰）是一名工作和生活在美国的印度人。常年过着和家人分离的生活，马汉感到十分寂寞，非常想念在故乡生活的乳母。某日，他决定踏上返乡的旅途，然而到达目的地后才发现物是人非，他的乳母早已经前往了一个名叫“脚印之地”的村庄。于是，马汉再度上路。 　　途中，马汉邂逅了名为吉特（Gayatri Joshi 饰）的美丽印度女孩，两人坠入了情网。马汉想将吉特带往美国，可是吉特的家人却坚持两人必须在当地完成婚礼的仪式。就这样，马汉在吉特的故乡住了下来，在和当地人朝夕相处之后，马汉才发现这个看似恬静的村庄，其实暗藏着许多隐患和风波。