- 堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一 配音）和他的战友次元大介（小林清志 配音）、石川五卫门（浪川大辅 配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一 配音）与目暮警官（茶风林 配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击。另一方面，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪（入野自由 配音）赴日卡演唱会，但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。 人声鼎沸的演唱会会场，史无前例的对决拉开序幕……
- 堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
- 少女惠特妮•米勒（Amanda Righetti 饰）及其男友麦克（Nick Mennell 饰）等一行五人前往水晶湖森林游玩，快乐的假期很快为血腥杀戮所取代，躲藏在暗处的杀人魔王杰森（Derek Mears 饰）突然出现，将青年男女们逐一杀害。 六周后，大学生特伦特（Travis Van Winkle 饰）及其一班朋友又来到水晶湖的小木屋内狂欢，他们偶遇寻找妹妹惠特妮的克雷（Jared Padalecki 饰）。虽然警方声称此地不见失踪人员身影，但克雷坚信妹妹必然身在丛林某处。与此同时，特伦特的两个朋友遭到杰森袭击，这群惶恐的大学生和克雷联合起来，共同面对身带血腥与杀戮气息的杰森……
