繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……本片根据同名经典漫画改编。

街でロイミュードがどんよりを起こして人々を襲った! 現場に急行したドライブだったが、そこにいたのはカラフルなロイミュードで、しかも5人組な上、自分たちのことを「忍者」だと名乗っている。明らかに言動が不審な赤い忍者を緊急逮捕した進ノ介は、取り調べを行う。 　　だが赤い忍者の言っていることは支離滅裂で、まったくいう事を聞かないため逆にペースを奪われてしまう。ベルトさんも、この世界には存在しえない忍者だという分析を下し、さらに謎は深まる。そんな時、街で再びどんよりが発生して―――。

由于被陷害参与暗杀，失落的忍者家族必须以自己的方式对抗地下核掩体中的超自然强敌——变异者和食人僵尸。　　被围困在地下千尺，忍者们将直面地狱...

孤儿瑞佐从小被一个名叫奥祖奴的神秘集团所收养，并被训练成为一位武功极高的刺客。因为自己的好朋友被奥祖奴集团残忍杀害，原本就已经厌倦杀人生涯的瑞佐，就此下决心脱离集团，随后隐藏起来，等待时机为朋友报仇。　　欧洲探员米卡在调查一系列政治谋杀案件时，发现案情似乎与一群来自远东的刺客有关。随后她违抗上司的命令，偷偷查找了秘密档案文件，了解了凶案背后的真相。为此奥祖奴集团派出一队杀手，打算杀人灭口。就在紧急关头，瑞佐救下了米卡，两人决定共同对付奥祖奴集团，将其彻底摧毁，就在欧洲的街道上，上演了一场猫鼠游戏……

　　身怀绝技、武功高强的凯西·伯曼（斯科特·阿金 Scott Adkins 饰）即将和他最爱的女子奈美子（肘井美佳 饰）步入婚姻殿堂，并迎来属于他们的爱情结晶。某晚，凯西外出购物，而独自在家的奈美子却被入侵者残忍杀害。压抑不住心底的愤懑与悲伤，凯西放纵怒火的喷薄。在此之后，他洗却前尘，背着行囊来到故交中原（小杉健 饰）位于泰国的古贺道场修行，但是丧妻之痛令这个孔武男子无法控制自己的情绪，有如随时暴走的猛兽。某日，道场一位道友被人杀害，而凶手作案手法与杀害奈美子的凶手如出一辙。从中原口中得知，这一切可能正与当年和道场多有瓜葛、而如今成为金三角一代黑帮头目的五郎（菅田俊 饰）所为。　　背负着深仇大恨，凯西再度上路……