经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……　　本片为SPEC系列完结篇的前篇。

木皿花枝（清原果耶饰）原本以空手道的日本代表为目标，却突然梦想破灭陷入了人生的低谷。至今只专注于空手道，从未恋爱过的花枝，遇到了比赛前必听的胜负曲的作者芦田春树（间宫祥太朗饰）。芦田现在是落魄的昙花一...

报考东大两度落榜的青年宫原圭介（三浦春马 饰）为了不让爱他的人失望，决定第三次向东大发起冲击。谁知就在考试当天早上，圭介竟然睡过了头。他手忙脚乱奔向考场，眼看过了入场时间，圭介突然从早上的恐怖袭击新闻中得到启示。他奔向附近的网吧，发邮件扬言在考场防止了炸弹。这一招终于为他赢得了顺利入场的资格。也许受到命运之神的垂怜，这一次圭介如愿以偿考入东大。兴奋异常的青年，却不知此时有另一双眼睛冷冷地注视着他。那个阴冷的青年名叫田中宏志（城田优 饰），他因为圭介引起的骚动失去了进入东大的机会。 　　田中知晓了圭介的所作所为，并且主动接近对方，对其进行威胁。圭介不知不觉跌入自己亲手制造的黑暗漩涡之中……

经历了严苛的考验，笠原郁（荣仓奈奈 饰）逐渐成长为一名优秀的图书队特遣队队员。而在小田原图书馆守卫战之后，她似乎终于发现，多年来始终念兹在兹的王子殿下正是那位经常摆着一张臭脸的教官堂上笃（冈田准一 饰）。某天，郁的父母意外来访，她手忙脚乱，因为她始终未将自己真正的工作告诉他们。因病失聪的女孩中泽毬江（土屋太凤 饰）多年来一直暗恋大哥哥一样的小牧干久（田中圭 饰），可谁知小牧被良化队指控向残疾人传播了有害身心健康的书籍而遭到被捕。另一方面，名叫朝比奈修二（中村苍 饰）的博物馆研究员接近柴崎麻子（栗山千明 饰），他和善的笑容背后另有企图。手塚光（福士苍汰 饰）接二连三接到神秘电话，来电者掌握着图书队未来的命运……