市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。

梦见成为Prima的灯里，开始对自己早已熟悉了的日常风景开始感到困惑不安。即使梦醒之后这种不安仍然没有消除，灯里的脑子里慢慢出现了这样一个疑问：“为什么艾莉西亚会选择自己（进AIRA COMPANY）呢？”为了解答灯里梦中的疑问，艾莉西亚开始讲述自己的过去。慢慢的，灯里入社、AIRA公司的过往历史被一页页翻开。从创建AIRA的全能领航员奶奶开始，AIRA公司代代传承的东西和思想到底是什么呢？

作品的故事设定在现今的21世纪，猫神 茧与普通人类柚子一起生活。柚子的父母因为意外生亡，所以柚子从小便一人继承了古董店“八百万堂”。而在这寄居的茧，虽然是负责守护被遗忘的万物和记忆的神明，但在作品中只是一个只顾吃、喝、玩及睡的猫神。在作品中，除了茧外，也将会有很多很多不同的各式神明陆续登场，热热闹闹地交织出一部轻松的喜剧。

延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。

1943年 欧洲战场局势神秘莫测，卡特兰的异形军横行霸道，不可一世，令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，凭借深藏体内的魔力与各种威胁人类存在的怪兽展开搏斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终败退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里 配音）即是其中的一员，战后她返回故乡扶桑皇国，以成为优秀的医师作为奋斗目标。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内田彩 配音）前来拜访，邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。　　身怀绝技的美丽魔法少女们从四面八方再次云集，欢乐玩笑之际，却不知贼心不死的异形军正悄悄逼近……