中情局获得情报，得知他们的特工中出了一个叛徒，准备将中情局布置在东欧的特工名单出卖给外国特工组织在特工头目吉姆的策划下，伊森所住的一组特工赶往了他们交易的地点。岂料，当他们按计划赶到时，却中了埋伏，一组人中除了伊森和吉姆的妻子克莱尔。这时，伊森的账户无端端多出了12万美金。伊森成了内鬼的最大的嫌疑犯。无奈之下，伊森只能凭个人之力独闯龙潭虎穴去找出出卖他们的内奸。他和外国间谍组织的接头人麦克斯取得联系后，答应帮麦克斯偷出中情局的间谍名单以交换中情局内鬼的名字。

特工汉纳威（乔什·哈洛威饰）执行任务时遇害，核机密文件被女杀手莫伦（蕾雅·赛杜饰）截获。为了找回文件，特工班吉（西蒙·佩吉饰）和特工简（宝拉·巴顿饰）从俄罗斯监狱救出了伊桑·亨特（汤姆·克鲁斯饰）。他们接受的幽灵协议任务便是从克林姆林宫盗取核军事密码。然而，当他们接近目标时，却发现被恐怖分子亨德里克斯（迈克尔·恩奎斯特饰）捷足先登，抢走了核军事密码。在爆炸中，亨特受困医院，遭俄特工的追捕，幸好他身手矫捷，才化险为夷。不过，亨特的上司也在混乱中丧生，只剩下其助手布兰德（杰瑞米·雷纳饰）与亨特死里逃生，加上班吉和简，逼上绝境的四人开始了最后一搏，从迪拜到印度，他们出生入死，与恐怖分子斗智斗勇……

美国内战结束的十年后，当年的南北战争英雄纳森（汤姆?克鲁斯 Tom Cruise）因无所事事而终日酗酒。一次偶然的机会，他结识了来美做生意的日本商人。纳森的彪炳战绩令对方刮目相看。此时正值明治维新时期，日本天皇意欲训练一支现代化的作战部队，于是纳森被请到了日本。　　日本很多武士都不欢迎纳森的到来，他们坚决不肯抛弃传统的武士道精神，对将武士西化十分反感。他们在首领乌吉奥（真田广之 饰）的带领下举刀起义，躲到了一条偏僻的小山村自立为政。天皇大怒，派纳森率领他训练出来的现代化军队去围剿叛变武士。岂料皇军全军覆没，纳森亦成为了阶下囚……

影片根据“英国惊悚小说天王”李查德的小说《完美嫌犯》改编。　　六发子弹，五名死者，神秘枪手在闹市区制造了一起惨案让整个城市都陷入了恐慌。所有的证据都指向了前军队狙击手詹姆斯·巴尔（约瑟夫·斯科拉 Joseph Sikora 饰）。但他坚持自己的清白并要求把老相识 杰克· 理查尔（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）找来，两人曾同在军队中服役。随着杰克调查的深入，他发现了更大的谜团，炮制这场惨案的真凶似乎另有其人，而别有用心的幕后黑手抓走了巴尔 ，只留下杰克一人探明真相。　　六发子弹中有一发漏空的子弹是杀手故意放空的。为了了解狙击手的工作，杰克特意来到了狙击手的训练营找到了一个叫做萨缪尔·卡什（罗伯特·杜瓦尔 Robert Duvall 饰）的教练。在卡什和巴尔妹妹以及律师的帮助下，杰克渐渐走进了事件的中心位置，一个关于苏联改造营和俄罗斯黑帮的秘密也慢慢浮出水面……