金刚（许冠杰 饰）与光头佬（麦嘉 饰）在一次泰国的任务中不欢而散，自此分道扬镳各奔前程……时间一晃三年，国宝兵马俑与秦皇宝剑在赴港展出的路上被白手套一伙施调包计窃走，自称“新最佳拍档”的飞贼姐弟（利智&张国荣 饰）再由白手套手中夺走宝剑，并高调登报嫁祸于最佳拍档。一时间，大陆方面派出的中国蓝波（李元霸 饰）与白手套等人均认为退出江湖的最佳拍档是夺剑人，对金刚和光头佬展开连番追捕。最终两个老搭档终于澄清误会，联合飞贼姐弟接受大陆方面的艰苦训练，以期能够为保护国宝而战……　　本片是《最佳拍档》系列电影的第五集。

影片描写广告公司职员刘德华与陈百祥，在前往大陆公干时无意中发现一个秘洞，取得元朝秘笈，解救了冷封多年的元朝公主王祖贤和梅小惠，同时也释放了邪派高手元华。刘与陈带了王与梅回香港，本以为她们不能适应现代生活，不料公主聪明过人，竟精通多国语言，并教刘学成秘笈中的如来神掌。此时，暗恋公主的元华追到刘家，与刘展开了一连串的生死斗。

　　有小男人绰号的玩具设计师罗友弟,偶遇一专爱说谎的富家女阿贞,她自称是问题少女,正被黑社会逼害,罗出于正义感,决定帮助她解脱困难,重新做人。　　友弟常受同事前度女友阿丽和老板娘阿珍的欺凌，阿贞鼓励他辞职，辞职后他们同在快餐店当售货员。　　贞父见友弟能使骄横的女儿刻苦自立，大为高兴。他知友是一玩具设计师，乃收购一玩具公司交他主理。贞父的跟班米高对友弟嫉妒，讥讽他靠富家女发达，没她不能生存。他因此不再和阿贞来往。她千方百计仍不能挽回二人感情，乃气愤地和他绝交。其后友弟知中了奸人圈套向阿贞施苦肉计，二人和好如初。

　　一次偶然中，古董商人郭敦煌（钟发 饰）和其徒弟发现了一座古墓，墓中躺着三具额头上贴有符纸的僵尸，在僵尸的身上，郭敦煌发现了生财之道，却在无意之中将镇压僵尸的符纸弄掉，引得僵尸复活，他的徒弟亦因为和僵尸搏斗而身负重伤。　　郭敦煌一行人找到了林医生（林正英 饰），求其救治，林医生告诉三人，僵尸十分危险，必须将其彻底消灭。然而，郭敦煌却并不愿意放弃好不容易弄到手的摇钱树，与此同时，警方亦闻风而动，情势十分混乱。男僵尸（张荣祥 饰）和女僵尸（王玉环 饰）千方百计寻找逃脱的办法，小僵尸（何建成 饰）却和人类小孩交起了朋友。

　　某疯狂科学家（乔宏 饰）因儿子感染艾滋病死亡而精神失常，他命令助手四处绑架同性恋者带到私人货柜船龙宝号上进行活体实验。警局督察长发叔（曹达华 饰）先后派人数次登船搜集证据，最后皆以失败告终。　　在夜总会演杂耍的石罅米（石天 饰）自幼研习武功，成年后进入特种大队，却因被指控有虐待倾向而离开警队，永不叙用。如今他独自抚养三个孩子，生活倒也快乐。某晚演出时，他和好友老虎仔（林振康 饰）目睹并插手一起绑架事件。由此将麻烦引到自己身上，而另一方面，发叔发现石罅米和一与疯狂科学家有勾结的日本人容貌相似，遂拟定了一个计划……