2022年、第17回サイバーフォーミュラGPXが開催された。「アルザード事件」の出場停止処分も解けて加賀やスタッフも戻ってくるが、いまいちレース出場に懸念を抱く理事会は大幅な予算削減を決定。一昨年のマシンでの出場を余儀なくされてしまう。しかし初戦で戦力不足を痛感させられた加賀は、突然接触してきた名雲の誘いを受け、アルザードのオリジナルマシンである「凰呀」を悩んだ末に譲り受ける。そして古いつきあいのグレイと、彼に預けていたフィルをメカニックとして呼び寄せた。

　　2016年、第１１回サイバーフォーミュラGPSが開催された。前年度チャンピオンのハヤトは、続々と投入されるライバルのニューマシンやチャンピオンであることのプレッシャーでなかなか調子が出せず荒れていたが、周囲の支えや持ち前の闘志で這い上がり、どうにか調子を取り戻す。　　しかし菅生修ことシューマッハが突然アオイZIPから復帰し、サイバーフォーミュラで走るすべてのドライバーに挑戦状を叩きつけたことから事態は一変。明らかに敵としてシューマッハがハヤトの前に立ちはだかる。しかもかつて父と共にアスラーダを開発したマシンデザイナー、クレア・フォートランが心強い仲間として登場する一方で、存在意義を見失ったみきはチームから離脱。　不協和音がスゴウを覆うなか、ハヤトは二年連続の世界チャンピオン、ダブルワンの栄光を手にすることができるのだろうか。

　　第14回サイバーフォーミュラWGPX。その最終戦でハヤトの指示にアスラーダが異を唱えたのが発端となり、違うマシンに興味を抱いたハヤトは新シャーシの完成を待つこともなくガーランドで15回大会に挑む決意をする。　　15回大会は開幕から大波乱を巻き起こした。新条を解雇し今日子を副社長に格下げしたアオイが、新オーナーに名雲京志郎を、新ドライバーにフィル・フリッツを起用。そして謎のニューマシン『アルザード』で超人的なタイムを叩き出したのだ。その速さに焦りを感じるライバルチームをよそに、次々と優勝をさらうアルザード。　　誰も寄せ付けないその驚異のスペックに、ハヤトさえまともに勝負できず自暴自棄になる。しかしアメリカでストックカーをしていた新条の言葉に目を覚まされ、謙虚にアルザードに挑もうと決意した。

　　ハヤトが絶好調の第12回大会。しかし第5戦イギリスグランプリで、ハヤトはランドルとクラッシュしてしまった。それは「ZEROの領域」と呼ばれる、ドライバーの全神経を極限まで高める感覚に目覚めたハヤトが、感覚に振り回されて引き起こしたものだった。　　重傷を負ったハヤトは年内かけてリハビリに集中。事故のトラウマから逃げるためにレースをやめてあすかと婚約するが、自分の気持ちに嘘はつけきれず、悩んだ末に復帰を決意する。　　ハヤトはみきたちスタッフやあすかの支えで事故の後遺症を乗り越え、競争力のない旧型マシンと化したアスラーダでどうにか13回大会を戦っていく。

　　外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。　　暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。　　古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。　　ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。