数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 　　遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。

樱井奈奈（花泽香菜 配音）是一位平凡而又善良的可爱女生，某日，奈奈在网上看到了方南STRIDE部比赛的画面，被这项穿梭在大街小巷之中的运动深深吸引，产生了加入的念头。就这样，奈奈进入方南高中，加入了STRIDE部，开始了在这里的学习生活。　　个性阳光开朗的八神陆（木村良平 配音）、沉默寡言满脑子只有STRIDE运动的藤原尊（冈本信彦 配音）、外表娇小可爱却拥有强大实力的小日向穗积（小野贤章 配音）、体格健壮英俊帅气的支仓希斯（小野大辅 配音）、温文尔雅书卷气浓厚的门胁步（下野紘 配音），和奈奈一起奔跑在路上的是这些个性迥异的社员们，面对层出不穷的对手，他们会释放出怎样的激情呢？

　　故事发生在和平宁静的空美町，平凡的少年樱井智树（保志总一朗 配音）过着独居的生活。每晚，智树都会梦见有天使从天而降，虽然被梦境所困扰，但智树的每一天依然能称得上是风平浪静。某一日，名叫伊卡洛斯（早见沙织 配音）的不明生物降落到了智树的身边，有着一张可爱面孔的她，后背上却长着硕大的羽翼。难道梦境中的一切变为现实了？　　善良的智树收留了伊卡洛斯，他的温柔和陈恳打动了这位本该无情的天使。之后，妮姆芙（野水伊织 配音）和阿斯特蕾亚（福原香织 配音）两位天使也被智树感化留在了他的身边。这些天使们从何而来？为何而来？在她们的背后，似乎隐藏了许多不为人知的秘密。

故事讲述发生在大不列颠的一个大国内，骑士们为了圣战而进行军备强化，因壮大骑士军团们的诸多暴行使得整个国家民不聊生。担忧着国家现状的第三王女伊丽莎白，把救国的希望寄托于10年前的事件被通缉的骑士团七原罪从而独自踏上寻找的旅程。无果的旅程中，被追兵追赶伊丽莎白因误入某个酒店，被酒店的主人、一个少年救下，这名少年正是七原罪的团长。从此他们踏上了开拓国家未来的旅途。