因人体实验成为改造人类的キサラギ，正被一个组织追击。 　　这个组织是企图征服被分割的“东京”的不死吸血鬼团体“不死骑士团”。 　　发誓为死去的头目复仇的黑帮成员们也加入了追捕，形势升级为多方对抗。 　　“原本没有理由活下去，但也没有理由被这些家伙杀掉──” 　　运用改造过的身体中嵌入的各种武器和自己特殊的“血”，キサラギ地狱般的逃生大作战开始！！！

　　位于冥府魔道尽头的魔界，曾经作为冥界三魔王之一君临天下的夜魔，因为触犯禁忌而被幽禁长达350年之久。刑满之后，她被派到人间追缉那些危害人类的魔物。在一个大雨滂沱的夜晚，高中生黑铁生正和同学回家，突然两只鹰身人首的魔物从暗处袭击他们。关键时刻，夜魔出手除掉这两个怪物。第二天，夜魔以转校生的身份来到铁生的班级读书，她美艳动人，充满神秘感，让男生们颇受吸引。与此同时，一位女老师和恶魔签订了协议，为害人间。与铁生有着宿命牵绊的夜魔，她们要一起面对来自异世界的挑战……　　本片根据毛羽毛现的漫画原作改编。

　　小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”　　本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影。该部电影的剧情是系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》的改编，描述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经被牙王劫持…… 　　众人被逼留在过去，最坏的情况是良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃泰诺斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的良太郎（剧中用“小太郎”代替）和异魔神齐格，并且在樱井的帮助下，开始了追踪Den-Liner之旅。 　　另一方面，回到江户时代的牙王成功夺得神之列车Gao-Liner，且抓住了追踪到来的良太郎，并坐着Gao-Liner回到1988年12月26日。 　　在1988年，良太郎恢复了记忆，但被牙王阻挠而不能变身。正当此时，樱井带同救兵出现，救兵则是三个不同时间的良太郎。于是，四个不同形态的电王同时出现，最Climax的战斗...