影片讲述承担着失踪的哥哥留下的3000万借款的图书馆管理员一男（佐藤健饰）为了起死回生购入了彩票而中了3亿元大奖，正当准备人生重来的时候，本应是大富豪的大学时的好哥们九十九（高桥一生饰）将这些钱拐走消失了。

东京和纽约，接连发生两起利用病毒Wizard制造的爆炸事件，该病毒的开发者亚历山大·卡罗琳娜·圆（堀北真希 饰）被人称作天才少女，而她正是冒失鬼ATARU（中居正广 饰）当年的旧相识。警视厅迅速成立搜查总部，冷峻干练的女性管理官星秋穗（松雪泰子 饰）亲自坐镇，指挥搜查的进行。谁知FBI带着ATARU突然介入，日美共同搜查总部旋即结成。就在此时，本已离职并经营起自己的侦探所的蛯名舞子（栗山千明 饰）也掺合进来。小圆锁定了罪虐深重的人，对他们展开了缜密的追杀。但其超高的智商，让日美警方全然摸不清头脑。ATARU、舞子、泽俊一（北村一辉 饰）这组最佳搭档再度碰面，他们能否携手击败这名史上最强的对手？?豆瓣

沉睡无数年头的福萨马格纳远古化石，因某个机缘合体复活，变成了和埃菲尔铁塔一样高的蜗牛怪兽。怪兽仿佛没有意识，只有本能，它缓慢滚动，整一路穿过东京到达大海。而它所滚动过的地方，都将变成废墟。日本的传统妖怪们惶恐不已，于是试图召唤天神渡辺纲的后代帮忙对付蜗牛怪兽。失去父亲的五年级少年渡辺兄（寺田心 饰）和母亲、弟弟相守度日。某个夜晚，他通过梦境见到了黑羽怪、辘轳首、雪女等妖怪。这些善良的妖怪请求渡辺兄拯救世界。考试还不及格的小男孩，又如何能成为救世主呢？ 　　灾难即将来临，妖怪大战争全面开启……

在旧金山南部的一个小镇上，老警长Paul Del Moral（帕皮·塞尔纳 饰）在大雾天开车回家时，不小心撞到了一个路上的行人，这个行人是一个孤独的日本人。然而，在进行交通事故调查之前这个受伤的男人从医院消失的无影无踪。阿基（藤谷文子 饰）是一个来自异乡的过客，她是一位日本犯罪小说家，当她正在游览旧金山的时候，她发现自己卷入了一场现实生活的谋杀谜案当中。这个孤身一人漂泊在一个完全陌生的城市里的女人，感受的也是完全不同的文化，在只有一个老警长的帮助下，她的文学技巧能帮她解开真相吗？

经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……　　本片为SPEC系列完结篇的前篇。