“座头市”三年前误杀了一个男子“吉藏”，因而来到上州的板仓村时想去吉藏之墓上一炷香。板仓村因为连续三年欠收，无法上缴年贡，好不容易全村筹出了三千两年贡要送缴“代官”时，竟然遇上不明的抢匪，三千两年贡就这样不见了……

　　满男大学毕业后面临着极大的就业压力，去了30多家公司面试结果都空手而返，他再也不能忍受重复而无谓的考试，以及焦躁地守候着电话等待结果的无奈心情，背起行囊去旅行。樱花焦急万分，刚刚回家的阿寅又踏上寻找满男的旅程。　　在一个宁静的小镇上，遇到了在那里做体力活的满男，镇上缺乏壮劳力，留下老人和孩子，田里的活没有人来做。满男的加入赢得了大家的好评，他自己也有了成就感。他不想就此回家，更何况有漂亮的护士小姐亚矢对他一往情深。叔侄两人住在叶子父亲的家里，叶子负债累累回到亲人身边，内心的苦恼只有向阿寅诉说。阿寅不忍接受她的爱，与侄子匆匆离开回到一直等候着他们的家人身边。

　　来自英国、中国、美国等五个国家的六个孩子来到了小丸子（Tarako 配音）的家乡清水市。来自意大利的安德烈（中川大志 Taishi Nakagawa 配音）暂住在了小丸子的家里。小丸子他们和外国小朋友们一起在学校里上课，还利用周末一起前往大阪和京都去旅行。一开始，小丸子因安德烈太过热情而感到困扰，但是知道了他来日本的理由后便开始和他和睦相处了。他们俩一起去逛了庙会，并许下了“希望能再次见面”的愿望。然而，这些快乐的日子即将过去，他们将要迎来离别之时。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。