铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。　　本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 　　另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 　　海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……

我们的使命，　　是击退企图破坏作品世界的【病毒】！　　我们要为了守护这个世界而努力！　　曾经号称御宅文化圣地的秋叶原如今也成为了商业街，　　动画和漫画的记忆逐渐被忘却，专卖店也逐渐关闭，变得所剩无几。　　支撑着作品世界的，是存在于人们心中的作品的“回忆”。但每当作品世界被病毒所破坏，作品就会从大家的记忆、回忆当中消除。　　我们的战斗，就是为了守护大家与喜爱的作品之间的“重要回忆”！　　在位于秋叶原一角的小小店铺“兔子小屋本铺”工作的12位女孩子的故事。　　为了打倒病毒、让秋叶原恢复成曾经的愉快街道，我们正在不断努力！

本作属于架空幻想西欧都市，且充满了冒险及童话色彩的奇妙空想物语，故事围绕着手镯与羁绊而展开，主要讲述了主人公无（ナイ）以一个遗留在血泊中的手镯作为线索踏上寻人的旅途，途中被叫美弥的女人抓了起来，期间被进入房屋盗窃的花砾所救，并得知自己手上的手镯是国家防卫机关“轮”的识别证。之后两人便踏上了旅途，在此过程中接触到了国家防卫最高机关『轮』，并结识了与仪等人。

并非此处的世界，并非此时的时代。　　被称作将军的执政者们所治理的草原与沙漠的国度·土耳基将国。　　12年前，在与邻国·巴尔特兰帝国之间的战争中失去母亲的玛法姆特，　　期盼着和平的国家，而成为了土耳基史上最年轻的将军。　　但，随着土耳基因交易获得巨万财富而取回了安宁，帝国的侵略再度开始了。　　与搭档犬鹫·伊斯卡达尔一起，为了粉碎席卷国家之间的阴谋与策略而行动的玛法姆特，　　究竟要如何将自己的祖国导向和平？　　——在理想与现实的夹缝中，他所采取的行动是……