某天，彼方遭到正体不明的怪物们袭击。救了他的人是神秘的蓝发少女空。她向彼方寻求帮助，对他说“只有你能拯救世界！”。为了从企图利用黑暗之力肆意操控世界的千寿等人手里拯救世界，彼方、空、吸血鬼兄妹冬夜和夕奈，与龙马、神威、半藏等怪物一同面对赌上世界命运的战斗。

因人体实验成为改造人类的キサラギ，正被一个组织追击。 　　这个组织是企图征服被分割的“东京”的不死吸血鬼团体“不死骑士团”。 　　发誓为死去的头目复仇的黑帮成员们也加入了追捕，形势升级为多方对抗。 　　“原本没有理由活下去，但也没有理由被这些家伙杀掉──” 　　运用改造过的身体中嵌入的各种武器和自己特殊的“血”，キサラギ地狱般的逃生大作战开始！！！

　　2022年，天才编程者茅场晶彦所开发的世界最早的完全潜行专用装备设备《NERvGear》。　　这个革命性的机器给VR（假想现实）世界带来了无限的可能性。那之后经过了4年。。。。。　　《NERvGear》的后继品VR机为了对抗《AmuSphere》（第二代民用完全潜行机），发售了一个次世代的可穿戴设备《Augma》　　替换了完全潜行机能，是一个对AR（增强现实）功能进行了最大限度扩大的最先进机种。　　由于《Augma》在觉醒状态下也可以安全和便利地使用，因此一瞬间便在玩家当中传开了。　　这个杀手级内容，被叫做《Ordinal Scale序列之争（OS）》，是《Augma》专用的ARMMO RPG。　　亚斯娜和伙伴们会玩的这个游戏，桐人也准备参战了。。。。

　　小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”　　本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影。该部电影的剧情是系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》的改编，描述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。