香港重案组督察Sam（黎明）率众捣毁了某跨国犯罪组织的巢穴，并把该组织首脑之一Night（尹子维）捸捕归案，但他没想到的是， Night会在其花重金聘请的能言善辩的律师团的帮助下仅以协助偷运人蛇罪被判3年监禁，对此Sam虽很失望，但仍暂时舒了口气，携妻子Ann来到巴黎游玩散心。 　　谁料Night的哥哥Day派的杀手早在巴黎埋伏。在巴黎购物中心，Ann不幸被杀手暗杀，Sam虽侥幸逃脱，却无法安然接受事实。回到香港后，Sam 辞掉了督察职务，开始了隐居生活，可是在无意间结识来自日本的漂亮女记者（濑户朝香）后，他对生活又有了新的理解。

故事发生在1940年代的香港，妙龄少女方兰（周迅 饰）和母亲（叶德娴 饰）一起过着相依为命的生活，两人将家中的二楼租住给了作家茅盾（郭涛 饰）和其太太孔德沚（蒋雯丽 饰）。方兰十分热爱茅盾的文字，在其中感受到了火热的革命热情和澎湃的民族气节，然而对于身边动荡的时局和紧张的政治氛围，方兰却知之甚少。 刘锦进（彭于晏 饰）是拥有着矫健身手的进步青年，受组织委托，他负责护送滞留在香港的一批重要文人返回大陆，茅盾一家人便在名单之列。在误打误撞之中，方兰被卷入了这一危险的行动之中，并在刘锦进的建议和鼓励之下，加入了革命队伍之中去，母女两人因此被卷入了历史的滚滚洪流之中。

商业犯罪搜查科警司黄文彬（林家栋 饰）的妻子前往廉政公署举报丈夫巨额现金来路不明，廉记首席调查主任陆志廉（古天乐 饰）奉命传唤黄到署问话，然而对手老奸巨猾，深谙暗箱一切套路，最终平安脱险。此前不久，黄曾调查素有香港会计界教父之称的罗德永（卢海鹏 饰）未果，视频中二人的反常举止引起陆的怀疑。与此同时，身份难辨的Z基金在道貌岸然的律师胡志勇（王敏德 饰）的推动下即将上市，该基金打着扶贫旗号，有望吸引港府150亿的专项关怀基金投入其中。陆敏感察觉其中的蹊跷，他和同事利用有限的时间展开全面调查。 　　金钱巨大的诱惑之下，贪婪之徒铤而走险，更不惜为此杀人嗜血。狂扫污秽的Z风暴即将到来，黑云压城城欲摧……

商业犯罪搜查科警司黄文彬（林家栋 饰）的妻子前往廉政公署举报丈夫巨额现金来路不明，廉记首席调查主任陆志廉（古天乐 饰）奉命传唤黄到署问话，然而对手老奸巨猾，深谙暗箱一切套路，最终平安脱险。此前不久，黄曾调查素有香港会计界教父之称的罗德永（卢海鹏 饰）未果，视频中二人的反常举止引起陆的怀疑。与此同时，身份难辨的Z基金在道貌岸然的律师胡志勇（王敏德 饰）的推动下即将上市，该基金打着扶贫旗号，有望吸引港府150亿的专项关怀基金投入其中。陆敏感察觉其中的蹊跷，他和同事利用有限的时间展开全面调查。 　　金钱巨大的诱惑之下，贪婪之徒铤而走险，更不惜为此杀人嗜血。狂扫污秽的Z风暴即将到来，黑云压城城欲摧……

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。 　　重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。