第四次忍界大战结束的两年后，此时此刻的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）早已成为盖世英雄一般的人物，无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧，他似乎也有其享受这样喧嚣欢闹的氛围。与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则始终站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身份之人劫持，带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火，阻止地球毁灭，鸣人、雏田、小樱（中村千绘 配音）、鹿丸（森久保祥太郎 配音）和佐井奉命前去调查舍人（福山润 配音）的真身。在此过程中，鸣人不小心知晓了雏田的心意……

A possessed Ninja doll teams up with a teenage boy to avenge the murder of a poor child factory worker.

本片讲述了四只忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，并联手对抗最强敌人的故事达伦·克里斯配音忍者神龟拉斐尔，SNL的凯尔·穆尼配音米开朗基罗，特洛伊·贝克配音蝙蝠侠和小丑，蕾切尔·布鲁姆配音蝙蝠少女，布莱恩·乔治配音管家阿尔佛雷德。

繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……本片根据同名经典漫画改编。

在中国现代，有一所专门训练忍者的学校，叫做赤火校园。千年老二山土校园为了抢夺生源独霸天下谋求暴力，在研究禁药的教师老土的教唆下 ，正在密谋灭绝整个赤火校园。他们向赤火校园发起挑战，赤火校园必须赢得比赛才能继续经营。。。赤火校园危在旦夕，小光老师找来了“问题少年”木叶兴入学，与班长秋爷一起修炼忍术，组成战队，赤火校园究竟能否化险为夷，重振雄风。。