与谢野雀（永野芽郁 饰）自幼无拘无束的生长在乡间，性格天真而又开朗。雀考上了位于东京的高中，这也就意味着，她要离开父母，前往这座繁华而又时尚的城市，独自开始新的生活。然而这生活在一开始似乎就并不顺利，在前往叔叔家的路上，雀晕倒了，幸运的是，她遇见了名为狮子尾五月（三 浦翔平 饰）的男子。雀惊讶的发现，狮子尾的后颈上有一颗似曾相识的痣。 　　第二天来到学校，雀发现，狮子尾竟然就是自己的班主任。之后，她还和邻座的马村大辉（白滨亚岚 饰）结下了一段友谊。随着时间的推移，雀和狮子尾以及大辉之间的关系渐渐暧昧起来，夹在两个男人之间，雀不知道该做出怎样的选择。

　　悲伤的爱德华和阿尔冯斯两兄弟，试图利用炼金术中最大的禁忌——人体炼成术救活撒手人寰的母亲，谁知却遭遇巨大的灾难。失去身体的阿尔冯斯，其灵魂被封禁在铠甲中，爱德华则以自己的右臂和左脚为代价，迫使弟弟止步冥国门前。许多年后，爱德华（山田凉介 饰）成长为这个国家中最年轻的钢之炼金术师，他与弟弟（水石亚飞梦 配音）上下一心，共同奔跑在寻找贤者之石的道路上。与此同时，神秘的人造人拉丝特（松雪泰子 饰）、恩维（本乡奏多 饰）盘桓这个国家的角落，她们策划者恐怖的勾当，一时间上空阴云密布……　　本片根据荒川弘的原作漫画改编。

第三季也发生了各种各样的奇怪事件。科学犯罪对策团队能否用最先进的科学解开并解决这些“禁忌事件”？

　　武岛兄弟俩在失去父母后相依为命，为了给弟弟筹集学费，哥哥刚志走上了犯罪道路，最后因抢劫杀人而入狱。入狱后的哥哥非常思念弟弟，不断地给他写信。但随着哥哥是杀人犯的消息传出，弟弟直贵的生活瞬间坠入地狱。虽然深知哥哥对自己的爱，但这份爱却让他背负起沉重的命运。甚至在结婚生子后，也不得不断绝和哥哥的关系。

When a mysterious figure starts to target State Alchemists for their sins against God, Alchemist Edward Elric and his brother Alphonse are at their most vulnerable, meanwhile the homunculi begin to unveil themselves once again.