国际大都会日本东京，光天化日之下发生了性质极其恶劣的抢劫案。某个十字路口发生诡异的交通事故，科学搜查班（ST）的各位顺藤摸瓜查清了事故的始作俑者——天才黑客镝木彻（中山裕介 饰）。但是ST的领导者赤城左门（藤原龙也 饰）面对众人对镝木的指控闪烁其词，他支开百合根友久（冈田将生 饰），独自前往镝木的住所。未久，镝木葬身火海，而赤城作为重要嫌疑人被同僚拘捕。青山翔（志田未来 饰）、结城翠（芦名星 饰）、黑崎勇治（漥田正孝 饰）、山吹才藏（三宅弘城 饰）等手下自然不会相信赤城的认罪供词，他们想方设法要查清真相，而百合根更为此故意犯罪进入拘留所，试图近距离听取赤城的心声。而就在关键时刻，赤城越狱逃亡……

在日本高知县的山中，生活着一个拥有绝美容貌的中年女子坊之宮美希（天海祐希 饰）。年轻时她与哥哥发生不伦之恋，这段刻骨铭心的经历后，美希选择隐居深山，靠做日本纸过着平静的生活。村民传言，美希拥有“狗神”的血统，凡是与她接近的人都将遭遇不幸。某天，美希邂逅新来的青年教师奴田原晃（渡部笃郎 饰），两个疏离之人迅速陷入缠绵的爱恋之中。似乎因爱情的润泽，美希变得愈发年轻、美丽。这个变化愈加印证了村民的猜测，他们恐惧、愤怒，企图将美希赶出山村。而那对相恋的人儿，则不得不去面对命运的嘲弄与审判……

高中生角田优（西岛隆宏 饰）自幼丧母，多年来他和身为神父的父亲角田哲（渡部笃郎饰）相互依靠，过着平淡的生活。但熏（渡边真起子 饰）到来打破了一切，她来去匆匆，敢爱敢恨，令角田哲癫狂不已，更将怨气全部撒在优的身上，强迫儿子每天忏悔认罪。为了讨好父亲，善良的优甚至主动去犯错，不久更加入了偷拍女性底裤的小组。父亲为他的大发雷霆，优却因此感到高兴。

该片由香港、日本与韩国三位导演：陈果、三池崇史和朴赞郁的三部短片《饺子》、《盒葬》与《割爱》组成。　　《饺子》讲的是年老色衰的李太（杨千嬅饰）为了挽回丈夫（梁家辉饰）的心，向媚姨（白灵饰）买人肉饺子企图重返青春的故事。《盒葬》讲京子（长谷川京子饰）被心魔缠绕，源于她小时因不满姐姐翔子独受爸爸的宠爱，把姐姐锁在盒子里，却意外导致其死亡。某日，京子终于收到邀请函，清算过去的历史。《割爱》讲了导演（李秉宪饰）在恐怖片片场收工后，回到家，却被变态临时演员挟持，以妻子的安全为代价，被要求忏悔。一幕真实的恐怖片在他身上开演。

1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为 饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡 饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮 饰）希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择……