前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。 　　在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

　　故事开始于1966年的九州，因为父亲工作的缘故，个性腼腆的少年西见薰（知念侑李 饰）从很小的时候起就不断的经历着搬家和转校，不断转换新环境所带来的压力让薰产生了只要一紧张就会想要呕吐的毛病。　　再一次经历了转学的薰来到了位于长崎县的一所高中就读，不断积累的压力让他心神俱疲。不过，薰发现，学校的天台能够让自己获得短暂的放松，只有在这里，他可以摆脱无处不在的他人的目光，做真实的自己。一天，薰意外的在天台邂逅了正在睡觉的川渕千太郎（中川大志 饰），千太郎是学校里有名的不良少年，期初对千太郎有些害怕的薰，在同他交往的过程中，意外发现了他温柔的一面。

在毫无征兆的一个晴朗日子，一枚导弹笔直飞来，将国际大都会东京都内极具代表性的彩虹桥炸为两截。该事件在都内引起不小的骚动，此后不久，警视厅公安部外事三课的警部高畑慧（高岛礼子 饰）带着相关视频资料找到藤田继次（筧利夫 饰）所统率的特车二课，经分析发现这次袭击来自于那架自卫队不久前失窃的新型战斗直升机AH-88J2改“灰色幽灵（Grey Ghost）”。经高畑之口得知，该恐怖事件与拓植行人、灰原零（森カンナ 饰）有直接的关系。而在纷乱的实践中，特车二课则面临着被撤消的危险。 　　东京一千万人口沦为暴动分子的人质，面对前所未有的危机，泉野明（真野惠里菜 饰）和她的LABOR能否力挽狂澜？

日向葵海（miwa 饰）和长谷川陆（坂口健太郎 饰）是青梅竹马的好友，两人同朋友松田直哉（龙星凉 饰）和中村铁太（泉泽佑希 饰）一起组建了一支乐队。直哉一直默默喜欢着葵海，他决定在夏日祭上表白自己的心意。然而，葵海的目光却一直追随着冷傲孤僻的陆，在他的温柔和冷漠之中，葵海无法确定自己在他的心中究竟存在于怎样的位置。 　　夏日祭当天，乐队登台演出，心不在焉的葵海在搞砸了整场演出之后死于交通意外。然而当她再度睁开双眼，发现自己竟然回到了一周之前，这不可思议的经历让她发现了陆一直隐藏着的秘密，也令两人之间的关系有了突飞猛进的发展。然而，无论怎样努力，葵海终究会在夏日祭那天傍晚死去，为了将心爱的人留在身边，陆一遍又一遍的穿越着时空。

　　日向葵海（miwa 饰）和长谷川陆（坂口健太郎 饰）是青梅竹马的好友，两人同朋友松田直哉（龙星凉 饰）和中村铁太（泉泽佑希 饰）一起组建了一支乐队。直哉一直默默喜欢着葵海，他决定在夏日祭上表白自己的心意。然而，葵海的目光却一直追随着冷傲孤僻的陆，在他的温柔和冷漠之中，葵海无法确定自己在他的心中究竟存在于怎样的位置。　　夏日祭当天，乐队登台演出，心不在焉的葵海在搞砸了整场演出之后死于交通意外。然而当她再度睁开双眼，发现自己竟然回到了一周之前，这不可思议的经历让她发现了陆一直隐藏着的秘密，也令两人之间的关系有了突飞猛进的发展。然而，无论怎样努力，葵海终究会在夏日祭那天傍晚死去，为了将心爱的人留在身边，陆一遍又一遍的穿越着时空。