影片根据兵器真人化游戏《刀剑乱舞ONLINE》改编，刀剑男士们将介入织田信长、丰臣秀吉的“本能寺之变”。

15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。

本剧改编自同名漫画，讲述了高三那年夏天，宝安慰哭泣的大进，大进难忘此事，从福冈追到东京的大学来找宝。原本大进不明白那份心情是什么，但渐渐地对宝产生情愫。某天迎新聚餐，大进喝醉了，被宝带回公寓照顾，大进趁着醉意告白了。第二天早上，宝吻了吓得一脸苍白的大进，说“接吻感觉不糟，所以跟你交往”。后来两人长时间相处，宝想回去自己的住处！？

“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……