每个人都有不可告人的一面——　　这是一个世界各国均暗地里进行激烈情报战的时代。东国（Ostania）与西国（Westalis）的冷战状态已经持续数十年。“黄昏”是西国情报局东国对策科“WISE”的一名优秀间谍。为调查威胁东西两国和平的人物——东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙，上级给予了他一个绝密任务。　　任务名为：“枭”（Strix）行动。内容是“一周之内组建家庭，潜入德斯蒙儿子就读的名门学校的联谊会”。于是“黄昏”扮演成精神科医生劳埃德·福杰，开始组建家庭。然而，他找来的女儿阿尼亚是个能读心的超能力者，妻子约尔是个杀手。三人利害关系一致，便互相隐瞒身份，开始了共同生活。　　世界的和平，就掌握在这意外不断的临时一家人手中。

　　本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。　　这一切都是命运石之门的选择。

皇缠（诹访彩花 配音）是一名平凡的初中二年级女生，从小就离开了父母，和祖父母过着相依为命的生活，皇缠因此格外渴望亲情，也渴望着看似一成不变但实际上充满了小确幸的平静生活。草薙由麻（大空直美 配音）是皇缠的好友，同时也是身上流淌着巫女血脉的巫女候补，肩上背负着沉重的责任。　　某一日，两人在前往神社的路上遭遇了一连串的意外，一个行踪诡异的男人成为了危害小镇宁静的不安定因素，为了压制疯狂的男人，由麻进行了“神悬仪式”，然而，让所有人都没有想到的是，被神明附身而拥有了能够降妖除魔的能力的人，却是皇缠。

人人都有不愿对他人露出的一面。 　　这是一个情报战的年代，全球各国都全力参与其中，表面上却不动声色。 　　东国和西国已陷入冷战长达十多年。“黄昏”是一名顶尖间谍，隶属西国专门对付东国的情报局 WISE。他奉命执行一项秘密任务：追踪东国国家统一党党魁唐纳文?戴斯蒙德的一举一动。这名危险人物为东西两国间的和平构成重重威胁。 　　这场行动代号是“枭”。黄昏必须在一个星期内组织家庭，潜入戴斯蒙德儿子就读的名校，参加他们的日常社交聚会。他假扮成精神科医生洛伊德?佛杰，迅速组成家庭，一切照计划进行，不料他的“女儿”安妮亚竟有读心术，“妻子”约儿更是个杀手！ 　　志同道合、互相隐瞒真实身份的三人就这么住在一块。 　　维持世界和平的重责大任落在这个临时家庭的手上。事情的发展，无可预期！

在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。　　这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。　　另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。　　随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。　　随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……