本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩（倪大红 饰）党羽密布、权倾朝野，清官海瑞（黄志忠 饰）不惧强权，敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达，市井文化也算繁荣，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满，“倒严”之声甚嚣尘上，从上至下、从里到外，从朝廷到地方官府，到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......

　　故事发生在抗日战争末期（1944年冬），当时一对九人日军小分队奉命进山寻找藏有以前存放细菌武器的山洞。而在同时，山里的唯一一户人家也在给自己死去多年的爷爷过生日而杀猪庆祝，家里的老太太拿着死去老伴的二胡正在感慨万千。就在这个时候九人小分队冲进院落并最终兽性大发将一家人除逃走的三个儿子外全部杀死。离开后日军小分队终于在后山里找到了山洞可是他们突然发现自己无法下山回去复命了，因为纯朴的中国老百姓已经被日本鬼子的兽性激怒了。兄弟仨人要报仇！于是展开了一场三个农民儿子与九个武装到牙齿的日军的战斗。三个原本纯朴的老百姓利用手中的大刀、斧头、绳子、铡刀、铁叉等农具对鬼子的三八大盖和刺刀，整整竟将鬼子困了将近两年时间。他们利用熟悉的山势和地形将日军困在山洞里不敢下来直至一个个耗死。而这两年间老大战死了，老三战死了，只剩下最胆小的二喜，鬼子这边也只剩下了残酷至极的鬼子队长。　　此刻电影也进入高潮。此时的战斗成为了两个人的战斗。每天的骚扰，每夜的石块袭击，每晚的叫骂成为战斗的主题。在这个战斗中已经没有了农民和士兵，有的只是“我要杀你”。冬去春来，秋去冬来。两个人之间的战斗每天都在上演，两个人每天睁开眼的唯一目的就是去杀死对方。二喜要对方杀人偿命，鬼子队长要下山完成任务。就在僵持中时间已经过去两年之久，两个人之间的比拼却还在继续。直到我们的解放军来到这个已经看上去荒芜了许久的山村，才发现在这里竟然还存有这样一场特殊的战斗。最终鬼子队长在绝望中自杀，二喜在“我终于报仇了”的呐喊中喜极而泣。

该剧以上个世纪三、四十年代，荆楚大地汉江平原火龙沟铜矿矿区起义为背景，讲述主人公董海文从一个不谙世事的儒弱留洋学生在战火的历练中演变为一个坚强的革命战士的成长过程，以董海文和古小凤这对欢喜冤家几起几落，若即若离的爱情纠葛为主线，通过董海文与恩师日本次长小藤俊这两个化学天才，爆破专家在战场上的斗争和董海文等人与民族败类古振堂之间的激烈博弈为主要内容，热情的歌颂了以董海文，赵思琴，古小凤等为代表的共产党人和民族精英为保护国家资源英勇斗争的崇高精神。

　　《枪花》叙事风格独特， 全剧近60个特工任务紧密相 连，每集执行一个任务，每十集讲述 一个完整的故事，全剧共三个故事单 元——金钱暴计划、玉碎计划、风船 计划。　　第一单元故事——伪钞案　　日本启动了“金钱暴”伪钞经济战 方案，妄图摧毁中国经济，先是发行 伪钞，进而印制真钞。樊露和茜茜二 人临危受命，与赌博高手、退役特 工、日本黑帮，自认奇货可居的掮 客、铁血的天皇特使等形形色色的人 等一路周旋较量……　　第二单元故事——玉碎计划　　日方决定在中国制造一起骇人听 闻的“玉碎”计划。 玉碎计划的终极目 标是用“樱花式自杀飞机”携带“核炸 弹”毁掉上海。樊露和茜茜从争夺一 架意外坠毁的日本小型飞机开始，发 现了日本人在策划更大的恐怖活动， 制造铀与炸药结合的 “脏弹”，并在上 海遍布了120个爆炸点……　　第三单元故事—— 风船计划　　美国落基山脉突发森林火灾，疑 为日本人利用随季风飘过太平洋的热 气球进行破坏，美情报人员请求中国 方面提供协助调查。很快，查到日本 军部刚刚制定了针对中国的“风船计 划”。在一步步险象环生的侦查后， 樊露和茜茜发现“风船计划”并不仅是 飘向中国的热气球——“空飘细菌炸 弹” ，还包括了“人”——所有参加舞 后大赛的选手都将被注入毒株，成为 名符其实的“流动细菌”活体，利用巡 演将病毒传播到亚洲各处。更令人胆 战的是，“风船”计划背后还藏着更加 可怕巨大的战略阴谋……