在遥远的未来，一个说不定是被称作为地球也不一定的惑星，有一群全身机械化的武士们在那儿长期的战斗。当大地化为焦土，战争终告终结。人们再次耕种稻田，生产出不至于让生活有困难的数量的米。位于被群山环绕受到湿润气候恩惠的“钪纳村”也正在从战争的伤害中重新站起来，受惠于盛产的稻米。但是村里的人们却不能因为米量的丰渥而快乐起来。因为每年都会有黑色威胁“山贼”——过去再战场上风光一时的机械化武士们，数之不尽的席卷而来。战争终结之后的他们早已失去了生活的目的，转而成群结队的去蹂躏村庄抢夺稻米与女人。 　　抵抗即死--只知道耕作的农民们对于收获期的们的袭击除了无可奈何的接受之外，并没有其它生存下去的方式。对于在收获期之前前来视察稻米状况的山贼，康娜村的长老伪作倡导彻底抗战到底，不过村民们发出了反对的意见。但是伪作早就已经有击退山贼的妙计了，能够对付山贼的只有武士。 　　就这样...

　　在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。　　暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅的关系，索隆和香吉士大打出手。而这一切，都和萨卡手中持有的七星剑有关。这把传说中的宝剑，其所隐藏的秘密渐渐浮出水面……

前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

　　分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。　　兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。

2002年在TV版内容再次编集的基础上，上映的两部∀高达的动画电影《地球光》和《月光蝶》。