遥远的未来，地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空，建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆，并与外星人成立人类银河联盟。与此同时，名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖，与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的战役中，年仅16岁的少尉雷德（石川界人 配音）所在部队遭遇猛烈抵抗。撤退途中，雷德不慎被卷入时空裂缝，与他所驾驶的歼灭兵器钱伯坠落在地球的汪洋中。钱伯被人类打捞到加尔刚蒂亚舰团之上，面对这个与印象中完全不同的人类发源之星，雷德不知所措。在此期间，他和可爱的少女艾米（金元寿子 配音）沟通交流，并成功帮助他们挫败海盗的进攻，赢得地球人的信任。　　由于无法联系到友军，雷德只能暂时留在地球。自幼只知道战斗和服从命令的他，面对这群全无纪律和效率可言的人类，心中最深层的情感慢慢苏醒……

「頼んだぜ、アンちゃん。」 　　帝の崩御から始まったヤマトの動乱。ヤマトの皇女?アンジュの毒殺未遂の嫌疑から追われる身となった右近衛大将?オシュトル。彼は戦いの末、仮面＜アクルカ＞の力を使い果たし、肉体と魂は世界の一部と化した。その別れ際、友であるハクにアンジュとネコネの未来を託す。 　　オシュトルから仮面と意思を託されたハクは、ハクとしての人生を捨て、唯一事実を知るネコネを除いた皆に正体を偽り、仮面とともにオシュトルとして生きることを選んだ。 　　そしてエンナカムイに逃れ、回復の兆しを見せたアンジュは、父である帝が残した皇女の地位を取り戻したいと立ち上がる。一方、ヤマトでは混乱に乗じて、八柱将であるライコウが偽の皇女を擁立し、国を掌握しようとしていた。やがてヤマト軍の侵攻は、本物の皇女を排除すべくエンナカムイへも及び……。ヤマト全土を巻き込む戦乱が、幕を開ける...

想要抓住尚未见过梦想的春日未来。 　　憧憬成为偶像的最上静香。 　　不知晓全力以赴能获得什么的伊吹翼。 　　被偶像的光芒给引导的3人所等待她们的是全新的伙伴。 　　当39位偶像一同向 "梦想" 伸出手抓住的时候， 　　剧场将诞生出百万的光芒！

本作中主角将透过道具“铠机”，穿上特殊的“铠装甲”，为了保卫地球和平与同样装备了铠金属的神秘金属生命体“铠兽”对战。TV动画版将展现更多热血帅气的战斗场面，融合友情与羁绊的感动剧情，以及穿插有让人捧腹的搞笑桥段。

《明日方舟》主线动画官宣二期制作决定！副标题为 冬隐归路。