电影讲述了抗日战争中，运河游击队驻扎在毛楼村议事却遭日军血腥围剿，队长壮烈牺牲，游击队员胡勋奇接受重任历经重重磨难，带领队伍死守微山岛的故事。

敌后抗日武工队是华北抗日战场上最闪亮的传奇，高风亮领导的定西县抗日武工队坚持敌后抗战，随时出击神出鬼没，如同一把尖刀插在鬼子心里，让鬼子时时心如刀绞，痛不欲生。抗战后期，鬼子进入最后的疯狂，为剿灭武工队，定西鬼子特战队队长冲田新八，多次设下圈套，敌方汉奸队、鬼子特务大队，甚至我军情报站，都成为了冲田新八的诱饵。高风亮在鬼子陷阱面前率领战士们一次次虎口脱险的同时，完成了护送首长、定点锄奸、爆破军火库等任务，给鬼子以迎头痛击，上演了一幕幕鲜活真实的、可歌可泣的敌后抗战故事，展示了中华民族不可侮的精神面貌。

　　1948年，解放军发动了辽沈战役，个别城市先行解放。郴城就是其中之一。但是国民党潜伏特务、散兵游勇、惯盗悍匪等多重阴霾使郴城陷入了不战而乱的困境，混乱和萧条充斥这个大城市的角落。原地下党员秦天亮为了使群众在新政权下重拾生机，迎接挑战，接任了郴城军管会主任。秦天亮带领侦查处处长技连才、保卫处处长孙大虎以及国外留学回国的侦查顾问耶律麒开展了一场脱胎换骨的改造工作。耶律麒对新政权一直抱着怀疑态度，虽是私家侦探专家，却一直本着一天和尚撞一天钟的态度与军管会各级干部始终保持距离。但他在这些共产党人新同行的感召下，在榜样的影响下终于变成了一名坚强的战士，发挥自己的推理特长，抽丝剥茧层层深入，在领导的运筹和同事的帮助下，最终粉碎了潜伏特务企图暗杀中央领导人的阴谋。

一桩焚尸旧案被重查，基层民警陈江河（段奕宏 饰）也被紧急调回。当他再次进入小城，搅局的骗子、撒谎的真凶、复仇的牺牲者，犹如一场沙尘暴将他笼罩其中。但他坚信罪恶皆有源，再大的风暴也终会平息，天地总会恢复澄澈。

　　《武工队传奇》:1942年，驻扎在保定的日军津美联队疯狂扫荡，铁蹄所至，血流成河。八路军某部二营为掩护主力转移全体牺牲。只有侦查连长魏强等人因护送妇救会主任汪霞幸存。魏强加入武工队誓为战友报仇。武工队完成了公路破袭，营救被捕队员等，巧夺粮食等一系列艰险任务。魏强等人夺回了二营军旗引起了津美的忌惮。刘魁胜等汉奸更是与武工队为敌，使武工队和乡亲们遭受很大损失。魏强利用情报，让敌人狗咬狗，打残夜袭队。日寇在保定设立生化武器研发基地，武工队假装被俘，进入基地内。队员们逃出囹圄，将基地摧毁。然而区委马鸣被俘变节，汪霞被抓。魏强找到上级，配合八路军主力会同国民党军队于三天后对保定城发起总攻。