伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……

动画第2季《Fatekaleid liner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fatekaleid liner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉雅重返过去的日常生活。然而，既然已经当过魔法少女，麻烦就会如影随形！这次她竟然是被无预警出现的另一个自己追杀!魔法恐怖(？)故事。第2幕堂堂开演！

在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类...

　　东京大决战结束，十年一晃眼就过去了，日本以地区为单位分裂成为了一个个小国家，各自为王。森友望未（小泽亚李 配音）是自警团的新人研修生，无论是长相、个性或是成绩都中不溜秋的她在某一日突然产生了想要横跨日本列岛诸国的念头。说干就干，就这样，森友望未踏上了旅程。　　性格内向有些还有的路痴少女小坂结季奈（日高里菜 配音）、活泼开朗不拘小节的元气少女响逢衣（种田梨沙 配音）以及身份神秘的虎牙少女御园千绫（花守由美里 配音），一路上，森友望未结识了各种各样善良的同伴们。在领略沿途风景的同时，四个女孩亦背负起了维护和平的光荣使命。

在三槌家的掌门人高上美夜子（堀江由衣 配音）过世以后，家族后继无人。由于长久以来，三槌家都侍奉着家族的守护神——狐仙大人，所以，当族中长老预测到各路妖怪将被美夜子的两个儿子高上升（水岛大宙 配音）和高上透（嶋村侑 配音）的法力吸引而来时，毫不犹豫的解除了曾经因为捣乱而被惩罚的狐仙的封印，天狐空幻（野上尤加奈 配音）保护三槌家的任务就此开始。 　　自从空和升相遇以来，怪事就没有停止过。空活泼调皮的性格没少给升惹麻烦，但在紧要的危急时刻，也是空将升从水生火热中解救出来。一来二去，两人之间产生了难得的信任和感情。此外，和三槌家本毫无瓜葛的守护女红（早见沙织 配音）也加入到了守护高上两兄弟的队伍中来，不断的吸引着妖怪的兄弟两会面临着怎样的命运呢？