1999年，澳门回归中国前。澳门司警马振成（杜汶泽饰）因惹上是非遭停职，警察生涯即将终结。马振成与伙计仍然夜蒲，盲打误撞遇上一名神秘少女张碧欣（梁洛施饰）。张碧欣随之跟着马振成回家，醉酒醒来的马振成以为自己与对方有了一夜情，再加上碧欣声称是他与初恋情人分手后生下的女儿，更加令马振成错愕不已。 　　碧欣因欠租数月以致无家可归，其心爱的狗狗伊莎贝拉亦被无良业主赶走，下落不明。身为父亲的马振成希望能弥补以往的责任，其后碧欣坚决要与马振成同住，令一向放浪的马振成生活顿起变化。 　　为求自保，马振成企图以身犯险令自己得以脱罪，他的好友杜Sir（黄秋生饰）亦屡劝无效。张碧欣欢欣鼓舞地准备与父亲落草，对着同校男生也难掩得意之色。然而渐渐地马振成从张碧欣身上，体会到什么是责任。

周筱兰在KTV工作，与男友阿ken感情甚浓。一天晚上，有一个年轻女仔找她，原来是Ken的前女友陈蕙贞。陈蕙贞向周筱兰大吐苦水，并想让周了解Ken的用情不专及恶劣行为。开始周筱兰对陈蕙贞的话还是半信半疑的，但后来出于同样是女性的考虑，周筱兰开始渐渐相信陈蕙贞的话，并且联合一起对付负心汉阿ken，令阿Ken处处碰壁。阿Ken得到惩罚后，陈蕙贞向周筱兰说出了所有事情背后的真相。

乱世之中，土匪横行，一心搞钱的痞匪彭一男（张晋饰）与兄弟雷五（国义骞 饰）、麻明（宁桓宇 饰）结伴走江湖、讨生计。陌生女子庄月（程怡饰）见识过他们的拳脚和计谋后，以一根金条为酬，托三人上山劫亲，反向抢人！谁知在这穷凶极恶的匪窝中，彭一男苦寻多年未果的灭门仇人，竟也意外显露踪迹……新仇旧恨、家仇民愤一起算，真狠人彭一男闯匪窝，讨血债，爽除恶，杀到底！

纱季是一个美丽的高中女生，因母亲吸毒卖淫入狱，为营救其母作为交换条件，私下与日本政府警厅作一个特殊合作，是扮演学生卧底警察，穿白色有警徽的透明内裤，手持溜溜球神秘武器，暗中调查学生卖淫集团，并当诱饵，以拘捕变态的强奸男子。纱季的同学沙纪爱上了一个男孩，却被虐待强迫加入卖淫集团，不从後被杀害。纱季好友同学「妓女飞鸟」也离奇被杀害， 於是纱季决定进入淫窟，卖淫集团是由校长和老师所操控，纱季发誓要查出行凶坏蛋，彻底摧毁卖淫集团。纱季的武器是溜溜球，她的战斗口号是“我永远不会原谅你！

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。 　　重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。