故事的发生，也就是在喜爱篮球的天童寺高中的王牌选手哀川和彦突然转学到实力并不怎么强的瑞穗高中开始的。和彦希望加入男子篮球队，可是球队因成员不足而面临被解散的命运。但由于他的实力与热情，终于蓝球队也重新活跃起来。他的鼓励和影响使得瑞穗高中的四位篮球选手重新审视了自己该走的道路，并一起开始前进。瑞穗男篮队终于燃起了斗志，进军县大赛。可惜经验与实力的差距，让惨败的他们有如一盘散沙。他们能再度站起来吗？由于他们的顾问老师，却是一心逼迫他们解散的条元老师，于是条元安排了一场比赛，条件就是如打输了，篮球社就得解散……　　但由于性格开朗的哀川和女篮一群美女的鼓励，男篮终于重拾信心，并在练习赛打败全国豪强成田中央高中……

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。　　但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。　　为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──　　在激战的彼端，等待着他的是……

总是被欺负的幕之内一步在机缘巧合下遇到职业拳击手鹰村，并从此开始了拳击生涯。初入鸭川会的一步在鸭川会长严厉的训练下，终于登上了日本冠军。在卫冕第一战中击败天才拳击手真田之后，下一个对手是曾经在鸭川会一同挥洒汗水的师弟・山田直道。面对不顾情面，大言不惭的宣称要夺取冠军宝座的直道，一步的内心动摇了……

故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……

新学期开始，各个社团都在大力招新，青春学园的强势社团网球社迎来了一位从美国回来的新生越前龙马（皆川纯子 配音）。个头虽小气场却不小的龙马寡言少语性格颇拽，引来了前辈们的不满。但一经较量后，发现龙马果真实力非凡，虽然是一年级，但还是入选为正式队员，目标直指全国大赛。 　　而网球社的成员也都各有各的本领和个性。总是笑眯眯的不二（甲斐田雪 配音）、爱操心的大石（近藤孝行 配音）、龙马的好友桃城（小野坂昌也 配音）、桃城的死对头海棠（喜安浩平 配音）、闹腾的菊丸（高桥广树 配音）、数据控的乾（津田健次郎 配音）以及实力强劲的队长手冢（置鲇龙太郎 配音）。性格各异的他们在磨合中逐渐形成默契，一路征战，遇见形形色色的来自其他学园的挑战，而大家的目标只有一个，那就是全国大赛的冠军。