在牧野间长大的本须和秀树（杉田智和 配音）因不甘心投报东京的大学失败，毅然决定来东京上补习学校。在东京街头，秀树发现街上随处可见人形电脑，在这个时代无比流行。他们有着和人别无二致的漂亮模样，连皮肤的触觉都很柔软。 　　穷学生秀树也很希望拥有一台但碍于其高昂的价格，只能远观。夜晚在回公寓的路上，秀树在垃圾堆里发现了少女模样的人形电脑。秀树将其扛回家，启动开关的同时也至此改变了自己的人生。苏醒的人形电脑由于只会发出“叽”的声音，因此被命名为小叽（田中理惠 配音）。在秀树的教导下，小叽如同婴儿般渐渐成长，也让秀树发现了小叽与其它人形电脑的不同。有着自己意识，而非电脑程序操控的叽渐渐对秀树心生好感，但电脑与人，机器与肉体，复杂的情况让二人踯躅不前。除了秀树和小叽，还有其它人与人形电脑的故事，或悲伤或感动，在高科技的时代依然上演着最本真的温情故事。

　　黄金国王和猫眼石王后相爱结合，诞下了可爱的银公主（德光由香 配音），国王和王后实在是太喜欢这个拥有一头耀眼银发的小姑娘了，无度的宠爱着她，使得银公主养成了十二中坏习惯。武烈女王曾是蜡笔王国的第三十三代女王，她打败了死神的英勇事迹传到了银公主的耳中，使得银公主对武烈女王无比崇拜。　　一转眼，银公主十二岁了，国王和王后为了庆祝她的生日举办了盛大的宴会，然而就在当天，一位神秘的少年将国王和王后变成了石头，与此同时，复活的死神发誓要向蜡笔国寻仇。为了解除父亲和母亲身上的封印，探寻事件的真相，打败重生的死神，从未踏出过王宫一步的银公主开始了她的冒险旅程。

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……